荔枝根系因苗木繁殖方法不同而異。實生樹及嫁接樹有發(fā)達的主根；高壓（圈枝）繁殖的荔枝側(cè)根須根發(fā)達，沒有主根。荔枝的根系由很多粗壯發(fā)達的側(cè)根和纖細茂密的細根所組成，初生的幼根白色，肉質(zhì)，質(zhì)脆易斷，俗稱“豆芽根”。

老根呈灰褐色。荔枝根系與真菌共生，形成菌根，為總狀分枝式。不同品種，樹表皮的色澤和糙度有差異。水東黑葉、大造等品種的樹干灰白色，表皮較光滑，黑葉、糯米糍、禾荔等品種，樹干黑褐色，表皮較粗糙。

荔枝樹樹體高大，百多年生的樹高16.0米以上，樹冠直徑15.0米以上，主干粗大。樹皮粗糙成微龜裂狀，但較龍眼光滑，灰白色、灰褐色或黑褐色。
枝梢的葉芽和花芽均是單芽，且裸露，但頂芽有雛葉包圍保護。枝梢優(yōu)勢強，頂芽容易萌發(fā)成枝；腋芽，強枝者只有1～2個能萌發(fā)，其余均為潛伏芽。新梢老熟后有的枯死，由側(cè)芽變成頂芽。
荔枝枝梢的特性因品種而異。禾荔的枝條密而短；大造、水東疏而長；桂味硬而脆。荔枝新梢黃綠色，表皮著生許多灰白色的圓形或橢圓形的斑點；老熟的枝梢灰褐色；多年生枝條顏色較深。
荔枝花型有雌花、雄花、兩性花和變態(tài)花四種。雌花、雄花數(shù)量多，生產(chǎn)上作用大，兩性花數(shù)量較少，變態(tài)花授粉不良，故在生產(chǎn)上作用不大。