1、光合菌群（好氧型和厭氧型）。如光合細(xì)菌和藍(lán)藻類。屬于立營(yíng)養(yǎng)微生物 ，菌體本身含60%以上的蛋白質(zhì)，且富含多種維生素，還含有輔酶Q10、抗病毒物質(zhì)和促生長(zhǎng)因子；它以土壤接受的光和熱為能源，將土壤中的硫氫和碳?xì)浠衔镏械臍浞蛛x出來，變有害物質(zhì)為無害物質(zhì)，并以植物根部的分泌物、土壤中的有機(jī)物、有害氣體（硫化氫等）及二氧化碳、氮等為基質(zhì)，合成糖類、氨基酸類、維生素類、氮素化合物、抗病毒物質(zhì)和生理活性物質(zhì)等，是肥沃土壤和促進(jìn)動(dòng)植物生長(zhǎng)的主要力量。光合菌群的代謝物質(zhì)可以被植物直接吸收，還可以成為其它微生物繁殖的養(yǎng)分。光合細(xì)菌如果增殖，其它的有益微生物也會(huì)增殖。例如：VA菌根菌以光合菌分泌的氨基酸為食餌 ，它既能溶解不溶性磷，又能與固氮菌共生，使其固氮能力成倍提高。
2、乳酸菌群（厭氧型）。以嗜酸乳桿菌為主導(dǎo)。它靠攝取光合細(xì)菌、酵母菌產(chǎn)生的糖類形成乳酸。乳酸具有很強(qiáng)的殺菌能力，能有效抑制有害微生物的活動(dòng)和有機(jī)物的急劇腐敗分解。乳酸菌能夠分解在常態(tài)下不易分解的木質(zhì)素和纖維素，并使有機(jī)物發(fā)酵分解。乳酸菌還能夠抑制連作障礙產(chǎn)生的致病菌增殖。致病菌活躍，有害線蟲會(huì)急劇增加，植物就會(huì)衰弱，乳酸菌抑制了致病菌，有害線蟲便會(huì)逐漸消失。
3、酵母菌群（兼性厭氧型）。它利用植物根部產(chǎn)生的分泌物、光合菌合成的氨基酸、糖類及其它有機(jī)物質(zhì)產(chǎn)酵力，合成促進(jìn)根系生長(zhǎng)及細(xì)胞分裂的活性化物質(zhì)。酵母菌在EM原露中對(duì)于促進(jìn)其它有效微生物（如乳酸菌、放線菌）增殖所需要的基質(zhì)（食物）提供重要的給養(yǎng)保障。此外，酵母菌產(chǎn)生的單細(xì)胞蛋白是動(dòng)物不可缺少的養(yǎng)分。
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①能和其他微生物共存，尤其對(duì)土壤中酯的生成有良好效果。

②酒精生成力強(qiáng)，能防止蛆和其他害蟲的發(fā)生，并可以消除惡臭。

改良土壤

● 形成適于作物生長(zhǎng)發(fā)育的良好環(huán)境，改良土壤結(jié)構(gòu)，促進(jìn)團(tuán)粒化，提高土壤肥力，使土壤的滲水、保水、透氣能力增強(qiáng)，可逐年減少化肥、農(nóng)藥使用量。

● 加速土壤有機(jī)物的分解，使有效養(yǎng)分含量明顯增加；使土壤中有效微生物迅速繁殖和不斷補(bǔ)充，抑制了土壤中病原微生物的侵襲和發(fā)展。

● 促進(jìn)以微生物及其分解產(chǎn)物為食的土壤微型動(dòng)物(如有益螨、蚯蚓類和甲蟲類)的數(shù)量增加，使整個(gè)耕層的微生態(tài)系統(tǒng)組成發(fā)生根本變化，提高了土壤生物活性和緩沖能力。