目前，生物燃料用于世界各地的航空試飛。大多數(shù)生物燃料是按一定比例添加到傳統(tǒng)航空燃料中的。雖然世界上大多數(shù)航空公司進(jìn)行的飛行試驗(yàn)結(jié)果表明，生物燃料和傳統(tǒng)燃料的混合可以在不改變飛機(jī)發(fā)動(dòng)機(jī)結(jié)構(gòu)的情況下提高飛行效率，生物燃料是否足夠安全，以及它們是否會(huì)腐蝕或侵入發(fā)動(dòng)機(jī)材料，但還需要進(jìn)一步的討論和驗(yàn)證。

產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會(huì)購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會(huì)很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

即所有轉(zhuǎn)化過程將不可避免地導(dǎo)致新的污染源，包括二氧化碳和其他污染物的排放；如果煉油后的廢渣，特別是煉油廢油的廢渣處理不當(dāng)，也會(huì)造成污染，治理污染的成本終會(huì)增加到成品油的價(jià)格中。

例如，為了監(jiān)督廢油的去向，促進(jìn)廢油的回收和利用，英國已迫使餐館安裝烹飪廢油回收系統(tǒng)；荷蘭廢油回收由資助，降低了生物航空燃料精煉企業(yè)的高回收成本；在日本，廢油由回收公司回收，并由購買。如果生物燃料要完全取代石油產(chǎn)品，不僅需要解決成本問題，還需要建立一個(gè)完整的生物燃料供應(yīng)鏈。

此外，可以制定政策，引導(dǎo)消費(fèi)者積極參與生物燃料的使用。歐盟航空公司開發(fā)了碳排放交易系統(tǒng)，并為航空公司規(guī)定了碳排放配額。在該系統(tǒng)中，以2004年至2006年往返歐盟的航空公司的年平均碳排放量作為該航空公司的排放基線。

2012年航空公司的累計(jì)碳排放量不得超過基線的97%，2013年不得超過基線的95%。在排放制度實(shí)施初期，航空公司可以免費(fèi)獲得一定比例的免費(fèi)排放配額，但免費(fèi)配額逐年減少，非免費(fèi)配額需要通過有償拍賣獲得。