產(chǎn)品成本高。以生物航空燃料為例，其成本是石油航空煤油的數(shù)倍，在成本上沒有競爭優(yōu)勢。雖然航空公司也會購買一定數(shù)量的生物航空燃料，但考慮到成本，購買量不會很大。此外，成品油的生產(chǎn)還將產(chǎn)生外部間接成本。

歐美國家對亞麻薺菜的種植和應(yīng)用進行了探索。亞麻薺菜是一種古老的油料作物，生長周期短（4個月），產(chǎn)油率高（30%–45%），化肥、農(nóng)藥、除草劑等投入量低，從中提取油，殘渣加工成飼料。在副產(chǎn)品附加值的幫助下，生物燃料的高成本是不夠的，甚至整個產(chǎn)業(yè)鏈都扭虧為盈。

微藻作為光合的光合生物之一，能提供大量非食物可再生生物質(zhì)能，積累大量脂類，并能生產(chǎn)生物燃料。某些產(chǎn)油微藻的脂肪酸總量可達(dá)干重的50%~90%。更重要的是，微藻含有豐富的生物活性物質(zhì)，可在制備生物燃料的同時進行值的綜合利用，相對降低微藻采油成本。